不動産M&Aと、会社清算などで不動産を初めとする資産を個別に売却する場合とでは、税金の扱いが大きく異なります。
あえてM&Aにより不動産を譲渡するのは節税効果の高さが主な理由です。
ただし、不動産M&Aのスキームを適用することが税制上難しいケースもあります。

不動産の売買にかかる税金

売り手側には、売却で生じた利益に対して法人税、地方法人税、法人住民税、法人事業税などが課されます[5]。
税率は合計で30％～34％程度です（会社の規模や所得額、所在する自治体により異なります）[6]。
また、土地の取引は消費税が非課税となっていますが、建物については消費税がかかります[7]。

不動産を取得した買い手には不動産取得税が課されます。
不動産の購入価格ではなく固定資産評価基準に基づいて決定された不動産評価額に対し、3％～4％の税率をかけて税額を算出します[8]。

また、買い手は所有権移転登記を行う必要があり、そのための税金（登録免許税、税率2％）[9]と司法書士に登記手続きを委託するための費用もかかります。

不動産の売買契約には印紙が必要であるため印紙税もかかります[5]。
印紙税は当事者間で折半されるのが通例です。

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会社清算にかかる税金

廃業して会社を解散する場合、資産を処分して換金し、債務を弁済して、残った財産（残余財産）を株主に分配します。
この手続きを清算と言います。

残余財産がプラスであれば、不動産の売却益と同様に、法人税などの課税対象となります（税率合計30～34％程度）。
資産の売買に際しては、土地や有価証券などの非課税となる取引を除き、消費税がかかります[7]。

残余財産を株主（オーナー経営者などの個人）に分配した段階で、株主には所得税が課されます。
所得税率はその年の所得合計額に応じて決まり（総合課税）、所得が多いほど税率が高くなります（ただし所得レベルごとに控除があります）。
例えば所得金額が900万円以上の場合は下表の通りです[10]。

課税される所得金額	税率	控除額
9,000,000円～17,999,000円	33％	1,536,000円
18,000,000円～39,999,000円	40％	2,796,000円
40,000,000円～	45％	4,796,000円

正確に言えば、分配される残余財産は譲渡部分（「資本金＋資本積立金」の額に対応する部分、言い換えれば株主からの出資に対応する部分）と配当部分（それ以外の部分）に分けられ、各部分に対する税金の扱いが異なります[11]。

配当部分は配当所得として総合課税の対象となります。
一方、譲渡部分から必要経費（株式取得時の払込金額＋取得時・譲渡時の手数料など）を除いた金額は株式の譲渡所得となり、他の所得とは分離して一律20％の所得税が課されます（申告分離課税）[12]。

結局のところ、例えば法人税などで引かれる割合を35％、所得税率を40％と仮定した場合、課税額は「残余財産×0.35＋残余財産×0.65×0.4＝残余財産の61％」となり、株主の手取りの合計額は39％にしかなりません。

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不動産M&A（株式譲渡スキーム）にかかる税金

売り手側への課税

株式譲渡にかかる税金は、株主の譲渡所得に対する申告分離課税の20％[12]だけです（株式譲渡契約では消費税も印紙税も不要です）。
株主の譲渡所得の合計は「株式譲渡の対価－必要経費の合計」で計算されます。

M&Aでは株主にとっての会社の価値（株主価値）を算定し、それに基づいて譲渡対価を決定します。
算定方法にはさまざまな種類がありますが、売り手企業が会社清算を予定していたようなケースでは、清算を実行したと仮定した場合の残余財産額をM&Aの株主価値と見なすのが一般的です（清算価値法）。
譲渡対価は最終的に交渉で決定されますが、基本的には残余財産額と同等の金額になります。

したがって、会社を清算した場合と不動産M&Aの場合とでは税引き前の譲渡所得は基本的に同じだと見なせます。
不動産M&Aでは税率が20％ですので、会社清算の場合よりもかなり税金が安くなることが期待できます。

一方、売り手企業を子会社として存続させるケースでは、売り手企業に期待できる収益力などのプラス要素と経営統合に伴うリスクというマイナス要素を加味して株主価値の算定が行われます。

不動産M&Aが検討されるケースでは収益力などは期待できないのが通例で、残余財産額（清算価値法による金額）よりも譲渡対価が大きくなることはあまりありません。

一方、経営統合に大きな負の影響を与える要素（例えば残業代未払いや訴訟に発展しかねないトラブルなど）を売り手企業が抱えている場合、企業価値の算定額はその分だけ減額され、譲渡対価が残余財産額より低くなる可能性があります。
したがって、場合によっては清算による手取りと不動産M&Aの手取りに大差がないということも起こりえます。

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買い手企業への課税

M&Aを行う時点では買い手側にはとくに課税は発生しませんが、後になって不動産を売却する場合には、売却益に対して法人税などが課されます。
このことは買収の時点で考慮しておく必要があります。

子会社となった売り手企業を解散して清算する場合、買い手企業に残余財産が入ることになりますが、100％の親子関係があるため、課税には影響しません[13]。

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不動産M&A（新設分割＋株式譲渡スキーム）にかかる税金

新設分割では、承継される資産・負債の譲渡損益に対する法人税（法人税法第62条[14]）、対価が株主に交付される場合の配当所得に対する所得税（所得税法第25条[15]）、不動産の承継に対する不動産取得税（地方税法第73条の2[16]）が課されるのが原則ですが、組織再編税制の適格要件などを満たすことで非課税となります。

例えば、新設分割の対価が新設会社の株式に限られ、それが株主の持分比率に応じて交付されという前提のもとで、支配株主と新設会社の間に以下のA～Cのような完全支配関係が生じ、継続する場合には、譲渡損益に対する法人税と配当所得に対する所得税が非課税となります（法人税法第2条第12の11号[17]、第62条の2[18]、法人税法施行令第4条の3第6項[19]、所得税法第25条[15]）。

売り手企業の全株式が支配株主（オーナー経営者など）の一族に占有されている（支配株主一族と会社の間に完全な支配関係がある）
新設分割の対価は新設会社の株式のみとし、それを売り手企業の株主に持分比率に応じて交付する（結果として新設会社株式を支配株主一族が占有し、支配株主一族と売り手企業・新設会社の間には完全な支配関係があることになる）
売り手企業の株式は買い手企業に譲渡されるが、支配株主一族と新設会社の間の完全支配関係は継続する（並行して後継者への事業承継を行うケースでは、新設会社株式が旧オーナーから身内の後継者に承継される）

さらに、分割される事業に関して以下の3つの条件が満たされれば、不動産を承継しても不動産取得税が課されません[20]。

分割事業の主要な資産が新設会社に移転している
分割事業が新設会社で継続して営まれることが見込まれる
分割事業に従事していた従業員のうち概ね80％以上が新設会社の業務に従事することが見込まれる

不動産M&Aのために行われる新設分割では、以上の条件を満たすスキームが採用されるのが通例です。

新設分割に続いて行われる株式譲渡の税務については、株式譲渡のみのスキームの場合と同様です。

不動産M&Aを行うことが税制上困難なケース

株式譲渡が短期所有土地の譲渡と見なされるケース

以下のAまたはBに該当する株式譲渡は、実質的に株式の譲渡ではなく短期所有土地の譲渡と見なされ、株式譲渡（税率20％）の倍近くの課税（所得税30％＋住民税9％）が行われる可能性があります[21]。

所有資産の70％以上が所有期間5年以下の土地およびその上に存在する権利（借地権など）で占められる会社の株式を譲渡する場合
所有資産の70％以上が土地およびその上に存在する権利で占められる会社の株式を取得から5年以内に譲渡する場合

新設分割が租税回避行為として税務調査で否認されるケース

組織再編税制には税逃れを防止するための規定が盛り込まれています。
とくに「包括的な租税回避行為防止規定」と呼ばれる規定（法人税法第132条の2[22]）には注意が必要です。

これは税逃れ行為を具体的に規定するものではなく、「法人税などの負担を不当に減少させる結果となるような組織再編行為」を制度の濫用として包括的に取り締まるための規定です。
判例[23]によると、税負担の軽減以外に合理的な目的があるとは言えない不自然な組織再編行為は、組織再編税制の趣旨を逸脱した租税回避行為と見なされる恐れがあります。

逆に言えば、税負担軽減以外に合理的な目的があり、それを実現する上で自然な選択肢と見なされるようなスキームで組織再編を行えば、税務調査で否認されることはないと考えられます。

売却対象の不動産を含む事業がその他の事業と比べてかなり小規模である場合、売却対象の方を新設会社に移転するのが自然な発想です（そのほうがはるかに簡単なプロセスで済みます）。
不動産M&Aを行うためにそれ以外の大規模な事業の方を新設会社に移したとしたら、他に説得力のある理由を示せない限り、税逃れだと指摘される恐れが高いでしょう。

反対に、売却対象の不動産を含む事業の方が大規模であれば、残す資産の方を新設会社に移すのは合理的に納得のいくスキームと言えるため、否認されるリスクは低いと考えられます。

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[5] 不動産（土地・家屋）にかかる税金について（東京都主税局）
[6] 法人所得課税の概要（法人税・法人住民税・事業税）（JETRO）
[7] 消費税のしくみ（国税庁）
[8] 不動産取得税（東京都主税局）
[9] タックスアンサーNo.7191登録免許税の税額表（国税庁）
[10] タックスアンサーNo.2260所得税の税率（国税庁）
[11] 会社解散・清算の実務（その１）（みらいコンサルティング持株会社研究所）
[12] タックスアンサーNo.1463株式等を譲渡したときの課税(申告分離課税)（国税庁）
[13] 解散の税務第2回：法人が解散した場合の株主の税務（EY新日本有限責任監査法人）
[14] 法人税法第62条（e-gov法令検索）
[15] 所得税法第25条（e-gov法令検索）
[16] 地方税法第73条の2（e-gov法令検索）
[17] 法人税法第2条（e-gov法令検索）
[18] 法人税法第62条の2（e-gov法令検索）
[19] 法人税法施行令第4条の3（e-gov法令検索）
[20] 会社分割に係る不動産取得税の非課税措置について（東京都主税局）
[21] タックスアンサーNo.1529短期所有土地の譲渡に類似する株式等の譲渡（国税庁）
[22] 法人税法第132条の2（e-gov法令検索）
[23] 最高裁判所判例集平成27（行ヒ）75 法人税更正処分取消請求事件（最高裁判所）

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